A fauna aquática do parque inclui 13 espécies de fitoplâncton, 3 espécies de gastrópodes (Planorbis planorbis, Georissa petiti e Potamopyrgus sp.), 2 espécies de crustáceos (Grandidierella megnae e Apseudes thaumastocheles) e algumas formas larvares e insectos como Diptera, Coleoptera, Ephemeroptera, Hemiptera, Odonata e Zygoptera (nunca soube tanto sobre insectos :). Todos eles são responsáveis pela conservação da avifauna da região.
Há também dois protagonistas que, embora não nos possam ver, ficarão encantados por serem observados a nadar livremente nas grutas do parque, duas espécies de “peixes cegos”, o Typhleotris madagascariensis e o Typhleeotris mararybe, endémicos das águas subterrâneas do parque nacional.
Perguntam-nos muito sobre a cor do lago, mas podemos dizer-vos que pode mudar várias vezes por dia, variando entre o branco absoluto, devido à sua elevada concentração de sulfato de cal e argila branca, o verde topázio e o espetacular azul turquesa. É precisamente devido a esta caraterística que nenhum peixe sobrevive no lago.